A necessidade de aquicultura sustentável tem promovido pesquisas sobre o uso de probióticos em organismos aquáticos. O interesse inicial foi focado em seu uso como promotores de crescimento e para melhorar a saúde dos animais; no entanto, novas áreas foram encontradas, como seu efeito na reprodução ou tolerância ao estresse, embora isso exija um desenvolvimento mais científico.

O crescimento da aquicultura como indústria acelerou nas últimas décadas; isso resultou em danos ambientais e baixa produtividade de várias culturas. A necessidade de maior resistência a doenças, crescimento de organismos aquáticos e eficiência alimentar trouxe o uso de probióticos em práticas de aquicultura. A primeira aplicação de probióticos ocorreu em 1986, para testar sua capacidade de aumentar o crescimento de hidrobiontes (organismos que vivem na água). Mais tarde, os probióticos foram usados ​​para melhorar a qualidade da água e o controle de infecções bacterianas. Hoje em dia, há evidências documentadas de que os probióticos podem melhorar a digestibilidade de nutrientes, aumentar a tolerância ao estresse e estimular a reprodução.